Naturreservatet består av en ögrupp i den yttre skärgården i Luleå kommun. Det innefattar den större ön Småskären, de näraliggande öarna Finnskäret och Klyvan samt ett antal mindre kobbar och skär inom det vattenområde som reservatet avgränsar. Småskären har en heterogen strandlinje med flera vikar och markerade uddar. På ön finns gammal granskog, några mindre tjärnar samt en mängd andra biotoper. Finnskäret rymmer ett flertal naturtyper som häll- och klapperstensmarker, blockiga stränder, en del strandängar med finare sediment, sandstrand, tallskog och mindre aspbestånd. Klyvan är en svagt kuperad hällmarks- och klapperstensö. Endast enstaka träd finns i ett par stråk över ön.
Småskären utgörs av flera numera sammanvuxna mindre öar och skär och har genom landhöjningen kommit att bilda den enhetliga ö vi ser idag ? därav namnets pluralböjning som också fått ge hela naturreservatet dess namn. Småskären har en mycket omväxlande vegetation med utrymme för stor biologisk mångfald. Skogarna på ön domineras av gran, men även enstaka lövträd förekommer och andelen ökar närmare stränderna. I skogen finns en hel del grova träd och lågor och på dessa växer ett flertal svamparter som är bundna till naturskogar och indikerar höga naturvärden, såsom rynkskinn, ullticka, rosenticka, lappticka och ostticka. Övriga exempel på naturskogsarter är finflikig brosklav, gränsticka, harticka, blodticka, kötticka och trådticka. Strandskogarna runt ön domineras av gråal, rönn, glasbjörk och sälg med enstaka aspar. I låglänta skyddade partier är den mest välutvecklad.
I anslutning till öns tjärnar förekommer som regel myrmark. Vid Vitfågelkärstjärnen växer till exempel myggblomster tillsammans med arter som dvärgmåra och styltstarr. Söder om Idvikstjärnen finns en intressant lövsumpskog som övergår i en fuktig barrblandskog. Döda träd och en hel del lågor finns här. På hällmarker och klapperstensfält är vegetationen mer sparsam, men till exempel på Vitfågelskärets stora hällmarker har vegetationen ängskaraktär med en rik flora med arter som låsbräken, nordlåsbräken, ängssyra, gul fetknopp, havtorn, ärenpris, liten ärtstarr och slidstarr.
Strändernas vegetation är variationsrik. Klubbuddens leriga finsedimentområden översvämmas vid högvatten och stormar. Detta ger upphov till en rik vegetation som också&","ikrafttradandedatumForeskrifter":null,"provningsmyndighetTillstand":null,"provningsmyndighetDispens":null,"tillsynsmyndighet":null,"atom.link":[{"rel":"nmdklasser","href":"https://geodata.naturvardsverket.se/naturvardsregistret/rest/v3/omrade/2201719/G%C3%A4llande/nmdklasser"},{"rel":"miljomal","href":"https://geodata.naturvardsverket.se/naturvardsregistret/rest/v3/omrade/2201719/G%C3%A4llande/miljomal"},{"rel":"beslutsdokument","href":"https://geodata.naturvardsverket.se/naturvardsregistret/rest/v3/omrade/2201719/G%C3%A4llande/beslutsdokument"},{"rel":"syften","href":"https://geodata.naturvardsverket.se/naturvardsregistret/rest/v3/omrade/2201719/G%C3%A4llande/syften"},{"rel":"self","href":"https://geodata.naturvardsverket.se/naturvardsregistret/rest/v3/omrade/2201719/G%C3%A4llande"},{"rel":"foreskriftsomraden","href":"https://geodata.naturvardsverket.se/naturvardsregistret/rest/v3/omrade/2201719/G%C3%A4llande/foreskriftsomraden"}]}